Pada tanggal 7 Juli 1970, sekelompok cendekiawan dan tokoh masyarakat di Jakarta yang menaruh minat dan bergerak di bidang ekonomi dan sosial membentuk suatu badan swasta yang tidak mengejar keuntungan (non-profit motive) yang kemudian diberi nama Perhimpunan Indonesia untuk Pembinaan Pengetahuan Ekonomi dan Sosial (BINEKSOS). Sebagai badan hukum yang sah dan diakui Pemerintah Republik Indonesia, anggaran dasar dari BINEKSOS disahkan oleh Departemen Kehakiman RI berdasarkan Keputusan Menteri Kehakiman No. Y.A.5/36/12 tertanggal 22 Januari 1973. Dr Emil Salim diangkat sebagai Ketua Pengurus BINEKSOS yang pertama, didampingi oleh Ketua Kehormatan Prof Dr Sumitro Djojohadikusumo, Prof Dr Ali Wardhana, dan Letnan Jenderal (Mar) Ali Sadikin.
Dalam melaksanakan kegiatannya, BINEKSOS menyelenggarakan antara lain kerja sama dengan Friederich Naumann Stiftung (FNS), suatu yayasan dari Republik Federasi Jerman.
BINEKSOS dan FNS kemudian mengadakan persetujuan bersama pada tanggal 19 Agustus 1971. Persetujuan tersebut ditandatangani oleh Ketua Pengurus BINEKSOS Dr. Emil Salim dan Dr. D.G Wilke dari pihak FNS. Dalam salah satu klausul persetujuan dicantumkan bahwa untuk mengejar tujuan-tujuan “membantu pendidikan tenaga-tenaga pimpinan Indonesia di bidang sosial dan ekonomi, khususnya di bidang pengembangan sumber daya usia muda (young human resources development),” BINEKSOS dan FNS secara bersama membentuk sebuah perkumpulan yang diberi nama Lembaga Penelitian, Pendidikan dan Penerangan Ekonomi dan Sosial (LP3ES).
Secara organisatoris, LP3ES merupakan lembaga pelaksana di bawah BINEKSOS. Dalam tubuh BINEKSOS dibentuk sebuah Dewan Pembina LP3ES. Dewan terdiri dari 9 orang yang dipimpin oleh seorang ketua, wakil ketua, bendahara serta beberapa anggota untuk masa jabatan satu tahun itu bertugas merumuskan kebijaksanaan LP3ES. Perkumpulan LP3ES sendiri dipimpin oleh direktur, wakil direktur dan staf yang bekerja penuh-waktu dan diangkat berdasarkan pendidikan dan pengalaman yang cukup, serta memiliki bakat dan motivasi tinggi. Nono Anwar Makarim diangkat sebagai Direktur LP3ES yang pertama.
Sejak 1972, LP3ES menerbitkan jurnal-bulanan sosial dan ekonomi, Prisma, yang menjadi bacaan kalangan akademisi, mahasiswa, pejabat-pejabat di pemerintahan, tokoh-tokoh politik dan kelompok-kelompok strategis lainnya. Pemikiran dan analisis yang disajikan melalui jurnal Prisma dalam banyak hal telah dijadikan referensi bagi pengambil keputusan dan perencana pembangunan di Indonesia di samping menjadi bacaan kalangan intelektual dan pengajar universitas. Di bidang penerbitan, sejak awal berdirinya LP3ES juga telah menerbitkan puluhan buku teks dan buku-buku umum (general readings) untuk kalangan mahasiswa dan perguruan tinggi, yang beberapa di antaranya telah dijadikan semacam bahan bacaan wajib di berbagai fakultas dan universitas serta lembaga-lembaga pendidikan tinggi lainnya. Selain menerbitkan buku-buku regular seperti tersebut, kami juga menyelenggarakan usaha di bidang jasa penerbitan, yakni mleyani kebutuhan berbagai pihak dalam penulisan naskah – misalnya penulisan tentang sejarah suatu lembaga atau biografi pemikiran tokoh – untuk diterbitkan menjadi buku.
Sebagai Lembaga Swadaya Masyarakat (LSM) yang bergerak dalam bidang penelitian, LP3ES banyak berkecimpung dalam penelitian, studi kebijaksanaan dan riset aksi terutama yang berhubungan dengan kepentingan grass-root communities. Mulai penelitian tentang sektor informal, koperasi, industri kecil dan kerajinan rakyat, lembaga-lembaga pendidikan tradisional seperti pesantren, pendidikan non-formal, partisipasi petani, kesehatan ibu dan anak, lingkungan hidup, kajian tentang hubungan masyarakat dan negara dan lain sebagainya.